La historia comienza, cuando Konohamaru despierta a Naruto y lo nombra líder de la Patrulla Konohamaru. La misión que le encomienda es encontrar el Trébol carmesí de cuatro hojas.
La razón por la cuál Konohamaru quiere el trébol, es por que se enamoró de una compañera de clase llamada Yoshino Kaede, que ha de marcharse a otra aldea por una misión del padre. Al oír esto, también escucho decir a una amiga de Kaede, que había un Trébol carmesí de cuatro hojas, en Akagahara. De este, dice la leyenda, que si se es capaz de conseguirlo, tus deseos se hacen realidad.
Ante esto, Naruto se lo toma como una misión y va a Akagahara a por el trébol. Una vez allí, y tras cuatro horas de esquivar trampas, llegan al lugar donde estaban los tréboles carmesís. Mientras, Kakashi, al enterarse de que Naruto se dirigía Akagahara, envió a Sasuke y Sakura a rescatar a Naruto. Pues en aquel lugar, se hacían antiguamente los exámenes de Chūnin.
Para conseguir el trébol, movieron una estatua, y esto provoco que emergiesen del suelo unas marionetas para atacarles. Entonces, llegaron Sasuke y Sakura a ayudarles. Mientras, estos tres se encargaban de las marionetas, Konohamaru estuvo colocando la pesada estatua en su sitio, para poder pararlas.
Una vez solucionado el problema, Konohamaru fue en busca de Kaede, a la que le regaló el trébol. A pesar de tener que irse, se cumplió su deseo, volver a ver a Konohamaru. Ver Ova
Naruto: Batalla en la casacada oculta: ¡yo soy el héroe!, 隠れの死闘 オレが英雄だってばよ! (Takigakure no Shitō Ore ga Eiyū Dattebayo!) o Naruto,: mision protejer la adea de la cascada (es como la adapto Cartoon Network es la segunda OVA del anime y manga Naruto, fue presentada durante el Jump Festa del año 2004. Tiene una duración aproximada de 40 minutos.Cronológicamente, la OVA se encuentra situada tras el episodio 80 aproximadamente, ya que se ubica después de su entrenamiento con Jiraiya y la invasión a Konoha, y antes de la búsqueda de Tsunade.
Esta OVA comienza cuando el equipo 7, formado por Naruto Uzumaki, Sasuke Uchiha y Sakura Haruno bajo la supervisión de su sensei Kakashi Hatake, inicia una misión ninja que consiste en escoltar al líder de la Aldea Oculta de la Cascada Shibuki. Este personaje se vuelve un cobarde ninja a raíz de la muerte de su padre, aunque es considerado como un héroe por todos los habitantes de su aldea.
La tranquilidad de la aldea se ve interrumpida cuando un jōnin rebelde, llamado Souen, quien fuese sensei de Shibuki en el pasado, decide atacar la aldea junto con un grupo de cuatro ninjas con el fin de robarse el -agua de héroe-. Esta antigua agua tiene la capacidad de aumentar el chakra de quien la toma 10 veces más, similar al efecto que tiene "la apertura de las puertas del chakra" técnica utilizada por Rock Lee, aunque tiene como contra parte que acorta drásticamente la vida del usuario. La misión de Shibuki como líder de la aldea es proteger el agua de héroe a como de lugar.
Abandonados al principio de la misión por su sensei, el equipo 7 tiene la misión de proteger a la Aldea Oculta de la Cascada de este ataque. Sasuke es tomado como rehén por el grupo de rebeldes tras demostrar sus habilidades, y Sakura es dejada también desarmada. Todo depende de Naruto y el cobarde Shibuki, este último no se decide a salir a batalla y Naruto tras decirle que un verdadero héroe es aquel que da su vida para proteger a los demás sale valientemente a luchar. Es vencido rápidamente aunque no deja de rendirse. Shibuki finalmente decide tomar el agua de héroe pese a que esto signifique su probable muerte igual que pasó con su padre, y sale a enfrentar a su antiguo sensei. También es dejado fuera de combate y despojado del agua de héroe, de la cual se aprovecha su sensei que consigue un nivel muy alto de chakra. Shibuki logra sin embargo liberar a Sasuke de sus ataduras. Peleando y utilizando sus ninjutsus característicos (Katon y Kage Bunshin respectivamente) juntos.Naruto camina sobre el agua y libera el chakra de Kyubi, Naruto y Sasuke, logran derrotar al jōnin rebelde salvando una vez más el día.Al final Shibuki sobrevive y encuentra su propio valor, mientras que el equipo 7 junto con su sensei Kakashi regresa a Konoha satisfechos de haber completado su misión. Ver Ova
Naruto: ¡Torneo de Combates Mixtos! es una OVA basada en el anime y manga Naruto. Esta OVA vino como extra en el videojuego Naruto: Narutimate Hero 3 (Ultimate Ninja 3, en Estados Unidos) de Playstation 2. Tiene una duración de 26 minutos. Su historia se situa después de que Naruto y Sasuke aprendren el Rasengan y el Chidori, respectivamente y antes de la huida de Sasuke con Orochimaru.Tsunade inauguró un gran evento, nada más y nada menos que un torneo especial, en el que los ninja podrían moverse de un lado a otro libremente siempre y cuando no salieran de la aldea, con el objetivo de encontrarse con un oponente y pelear por los cristales, el torneo constaba en 2 fases, la primera eran las eliminatorias y la segunda es ronda final. El ganador tendría el derecho de crear una regla para la aldea, es decir, se le cumplía casi cualquier deseo al vencedor, podiendo bajar los precios en la tienda de ramen, firmar una alianza con la Aldea de la Arena, etc.
Durante el torneo están prohibidas las misiones. Existe un receso en el que se pueden hacer misiones, y es cuando se acaban las eliminatorias. Los que hubieran alcanzado los 60 puntos, participarían en la ronda final, cuyo objetivo es conseguir tantos cristales como sea posible, y al acabarse el tiempo, los 2 ninja con mayor cantidad de cristales, se enfrentarían en un combate. Después de varias peleas contra diversos ninja, Naruto, para sorpresa de todos, llega a la final, y se enfrenta contra Kakashi.
Al final de una intensa pelea con Kakashi, Naruto cae derrotado, sin embargo, tras comprobar la fuerza de Naruto, Kakashi decide rendirse, pues cree que Naruto merece la victoria.
El sueño de Naruto se cumple, pero a diferencia de lo que él esperaba, le toco pasar aprobando documentos toda la semana mientras Tsunade se daba un descanso en las aguas termales, el juego termina con el grito de un desesperado Naruto pidiéndole ayuda a Tsunade, pues ser Hokage es más difícil de lo que creía.
La OVA alcanza la parte en la que Kakashi le quita el cristal a Naruto. Lo que sigue, sólo se ve en el final del modo historia del juego. Ver Ova
La cuarta OVA, «Naruto: Caminos Cruzados», fue estrenada en el Jump Anime Tour 2009, la animación está centrada en Sasuke, durante el tiempo que estuvo en el Equipo 7.
Antes de que empiece el relleno de shipuden por ahí del capitulo 143, Tobi se acerca a Saske y le pregunta ¿Qué tienes? Y él esta como pensando/recordando, ahhh pues se supone que esta aventura es de la que se acuerda… cuando aun hacia equipo con Naruto, Sakura y su líder era Kakashi.
La historia esta desarrollada antes de los exámenes chunnin aun no se sabia quien ni para que querían a Saske, el detalle con esta OVA (Original Video Animation) es que muchos la toman como la 5 pero en si oficialmente es la 4ta, la confusión se da con el corto llamado Festival de Deportes de Konoha, esta última OVA esta grabada en una animación muy parecida a los videos que acompañan los videojuegos, esa onda 3D en donde las secuencias de video te involucran en la historia cuando juegas, es de mayor calidad y diferente a la que se ve en tv. Ver Ova
Naruto: El festival deportivo de Konoha es un extra incluido con la película Naruto la película: ¡El rescate de la princesa de la nieve!, basada en el anime y manga Naruto. Tiene una duración aproximada de 11 minutos.Naruto Uzumaki, junto con sus compañeros del equipo 7: Sasuke y Sakura, y los demás genin de la aldea de Konoha se encuentran participando en el Festival Deportivo anual que tiene como premio unas vacaciones pagadas. Naruto está dispuesto a ganar el premio, pero durante toda la OVA no puede resistirse a ir al baño aunque sin éxito pues tiene que afrontar una serie de problemas que se lo impiden, entre ellos encontrarse con una larga fila de espera donde aparecen formados Gaara e Itachi Uchiha y tener que recurrir a entrar al baño de mujeres, claro, este interrumpido por Hinata Hyūga la cual debido a su timidez, solo le pudo desear suerte en la carrera.
Finalmente logra obtener el primer lugar tras una desesperada carrera por huir al baño, y aunque no logra llegar al baño surge un inesperado final donde demuestra porque es llamado "el ninja #1 impredecible
